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腸道內的細菌也有生理時鐘，且受人類等「宿主」作息影響，一旦被打亂，會提高宿主肥胖的風險。

過去研究顯示，日夜作息顛倒或常受時差所苦者，會造成生理時鐘紊亂，影響內分泌系統運作，提高肥胖、糖尿病、心血管疾病及各種癌症罹病風險。

以色列魏茲曼研究中心(The Weizmann Institute of Science Rehovot)團隊發表於頂尖期刊《細胞》的研究指出，時差或作息顛倒導致肥胖的原因，恐與腸道內菌落的生理週期也被破壞有關。

研究人員分析實驗鼠在不同時段排出的糞便後發現，各菌種的菌數及活性，會隨時段變動，顯示腸道內菌落也以類似人類生理時鐘的方式運作；一旦改變實驗鼠的睡眠週期，餵食時間隨之改變後，各菌種的週期性變化會消失。

研究人員另外分析自美國飛往以色列旅客的糞便後發現，當旅客正常睡眠時間被時差打亂後，體內菌落的比例也會改變，容易引發肥胖及代謝症候群的「壞菌」大幅增加。

魏茲曼中心研究員伊蘭伊莉娜芙認為，針對機師、空服員、醫護人員或輪值夜班等作息常被迫變動的職業工作者，或可透過抗生素或抗細菌藥物調整腸道內菌落，以預防肥胖及其他與新陳代謝相關的疾病。