過去討論基因改造作物的焦點，經常聚焦在其製造成基改食品後對人類的危害，自私的人類總先想到自己，但這次要探討的是可能人類還沒搞死自己前，就先引爆一場環境生態上的大浩劫！
此話怎說？先說說人體身上的微生物，同時存在「益菌」及「壞菌」，當「壞菌」變多醫生就會餵我們吃抗生素，抗生素消滅了壞菌，也同時殺掉了好菌，好菌減少了我們可以從環境中接觸或吃含益菌食品補充。另外怕產生抗藥性我們可以控制抗生素的使用量，努力做好身體環保維持健康減少用藥。
現在假設？你是一個基因改造人，你自己會製造源源不絕的抗生素，結果當然是你不會受到感染，但「益菌」一隻也長不起來，接下來身體正常機能也必受影響，下場當然是死亡。現在再想像，那如果是一片種植抗蟲害基因改造作物的農田呢？它們持續的在殺我們所謂的害蟲。我們使用的抗生素、農藥都可以控制，那基改作物是不是就跟之前假設的基改人一樣呢？
當然提供基改作物種子的公司（孟山都、拜耳……）都宣稱，他們提供的基改作物只針對害蟲，那害蟲以外的蟲呢？農作物種在野外，暴露在大環境中（生態系），生物的多樣性一直在變化，一切很難如溫室中的實驗所預估。就算只會殺到害蟲，害蟲也屬於生態系的一環，少了害蟲意味著吃蟲的生物（鳥、青蛙……）食物來源中斷，這個以害蟲為中心拓展出去的食物鏈絕對不只一條，然後這些食物鏈中斷的結果，之後必定會引起連鎖反應影響到整個生態系。
另外還有最難控制的基因外流的問題，基因外流是指透過天然的授粉交配、病毒、細菌感染將基因移轉到其他天然的植物上，目前已經發生過污染到其他農作物的案例，還鬧上法庭。至於植物上的基因會不會跑到動物身上，目前則還未有確切的案例，但基因移轉到動物的消化系統內的細菌，導致健康受影響的案例卻已經發生。
早在2000年，德國的動學家Hans-HinrichKaatz已經發現，用來改造油菜性狀的基因已轉移到蜜蜂膽囊內的細菌，而這也被懷疑是造成2006年蜜蜂大量減少的原因之一。那人體內的細菌呢？事實上這種多重間接而來的影響，其途徑很難預測，目標細菌種類也不明確，就現在的技術根本無法做安全性評估。
那不吃基因改造食品就好了嗎？我們的食物來源中，有超過三分之一的農作物需要靠蜜蜂授粉才會開花結果，但弔詭的是，自第二次世界大戰以來，全美蜜蜂的數量已經減少一半以上，但是據蜜蜂行為學者Marla Spivak表示，全世界需要蜜蜂授粉的穀物卻成長了三倍。蜜蜂少一半榖物產量多三倍，光想這三倍，簡單推論吃到不自然(不一定都是基改)的機率應該很高吧？在台灣如果想減少吃到基改作物的機率，這邊提供一個秘訣，就是避開黃豆、玉米這兩樣，至於為什麼？請上衛生福利部網站一看便知。
基改作物其一本初衷也是立意良善，想說透過基因改造減少化學肥料、農藥之應用，減少對環境的化學污染，又可增加產量，看似好處多多？卻惹來了生物性的汙染。化學性的汙染可以透過停止使用，讓環境經過時間的推進去轉化掉（時間多半非常長）， 但生物性的汙染更甚而基因汙染呢？基因會傳播、會複製，其影響會隨生物繁殖、遷徙（植物可透過種子傳播遷徙）而擴大，時間可能難以沖淡一切，過去用遺傳育種的方式得到優勢品系，要花很長的時間，效率也差，對環境的影響自然也就沒那麼劇烈。但這種看準一個基因，一次到位式的勢在必得之手段，雖帶來了效率，相對也會付出一定的代價。
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