減碳也要兼顧環保，通常一提到生質能或生質燃料，最大爭議就是其原料常來自糧食作物，會有與民搶食的疑慮，不過若生質燃料來源是不占耕地、可以在海水或廢水生長的海藻呢？海藻生質燃料有搞頭嗎？
目前生質燃料多採用芒草、柳枝稷、麻、玉米、甘蔗，或是棕櫚樹、木材等植物，雖然普遍認為是一種再生能源、又或者是說「碳中性」能源，但若為了追求生質能源，不當開伐森林或是廣種單一生質作物，反而會有惡化飢餓、糧食安全與損害環境等問題，直接破壞碳中性平衡，造成另一種不可逆的傷害。
其中歐盟 2013 年就開始限制使用糧食作物製造燃料，議會也呼籲改用海藻等廢棄物做為生質燃料原料，希望在 2020 年時這類新型燃料可佔交通燃料用量的 2.5%，大概需要 5,000 平方公里的海藻培育面積，並能創造 15,000 個工作機會。
歐盟也在 2019 年開始起限用棕櫚油燃料，3 月時更把棕櫚油從生質燃料除名，並希望能在 2023 年逐步淘汰，2030 年後運輸業也不能再使用棕櫚油燃料。
因此相較於其他生質能材料，藻類或許是不錯的選擇，藻類可以生長在不適合其他作物的地方，不會占用耕地、也可用海水或是廢水來培育，更能吸附海中的污染物，有助於復育海洋生態。先前美國能源部也估計，若藻類生質燃料能將現在的石化燃料取而代之，只需要 39,000 平方公里的土地就能供全美使用，所需面積遠低於占全美國七分之一面積的玉米農地。
而現在歐盟資助的 MacroFuels 已經成功研發出基於海藻的生質燃料，並實際在汽車加油測試，實驗指出，最高時速可達每小時 80 公里，這代表海藻生質燃料在性能方面其實是可行的，而且或許也能用在航空或是其他運輸工具。
但藻類生質燃料也有其挑戰，不僅成本相當高、是其他生質燃料的 10-1,000 倍，縱使經過基因改造的藻類產油量高，但混入自然中也不是件好事，養殖方式也得注意，避免它們混入自然界，又或是被外在的微生物影響生長。
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